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首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
卷一 新着脉法心要部位胃脉浮脉沉脉数脉迟脉长脉短脉大脉小脉洪脉微脉实脉虚脉紧脉缓脉芤脉濡脉弦脉弱脉滑脉涩脉动脉伏脉促脉结脉革脉牢脉疾脉细脉代脉散脉奇经八脉冲阳等脉五脏死脉对待比类纲目以脉主病脉真从脉症
卷一经候门经闭痛经潮热、蒸热、寒热鼻衄带下崩漏阴肿门卷二种子门卷三胎前门恶阻胎动不安漏胎心腹胀满
叙言卷一脏腑经络先后病脉证第一痉湿病脉证第二卷二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五卷三血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七卷四奔气病证治第八胸痹心痛短气病脉证
脏腑虚实标本用药式
《汤液本草》序一《汤液本草》序二《汤液本草》后序卷之一五脏苦欲补泻药味脏腑泻火药东垣先生药类法象用药法象药性要旨气味浓薄寒热阴阳升降图（缺）升降者天地之气交用药升降浮沉补泻法五味所用药类法象标本阴阳论
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序一序二序三序四序五自启重刊卫生宝鉴后序补刻卫生宝鉴后序卷一春服宣药辨革春服宣药歌无病服药辨古方名实辨承气汤辨阴盛阳虚汗之则愈下之则死阳盛阴虚下之则愈汗之则死汗多亡阳下多亡阴方成弗约之失卷二灸之不发脱