序（一）序（二）序（三）卷一中风通关散稀涎散祛涎散紫金锭乌药顺气散八味顺气散大秦艽汤三化汤羌活愈风汤凉膈散转舌膏搜风顺气丸乌龙丹选奇汤起左汤起右汤小续命汤麻黄续命汤桂枝续命汤白虎续命汤葛根续命汤附子续
一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
曹序自序序例卷之一·阴阳脏腑部阴阳五脏卷之二·阴阳脏腑部诊法通论诊虚实法、诊寒热法（俱入治法）诊病传变（诊病将死期入诊生死条）诊病愈剧诊生死诸脉诊病杂法诊一岁病证相同卷之三·阴阳脏腑部治法通论倒仓法药
医案精华
黄帝内经素问校义
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
血證論卷一 陰陽水火氣血論卷二 吐血卷三 汗血卷四 便血卷五 瘀血卷六 癆瘵卷七卷八 方劑
顾序慎柔师小传师训题辞卷一师训第一历例题辞卷二医劳历例第二虚损门题辞卷三虚损第三脉法损脉致病次序损脉损症治损法五脏逆传致病诀虚损死证寒热论五脏致伤虚损致病之由亢则害承乃制论虚损误药之辨虚损秘诀损病汤药
管序黄序总论十二时气血流注歌发散方十三味总方十四味加减方七厘散飞龙夺命丹地鳖紫金丹三十六大穴图说少林寺秘传内外损伤主方损伤补药方王瑞柏损伤用药论十全大补汤四物汤四君子汤八珍汤补中益气汤六君子汤加味承气
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一