序卷一十二官六脏六腑纳甲诗内景说心说肝说脾说肺说肾说胃说胆说大肠小肠说三焦说手心主说(即心包络)膀胱说命门说附录高士宗部位说经络易知十二经脉起止图十六络穴图经络说十二经诗十六络诗十二经气血流注诗（旧本
十四经发挥
外科发挥
妇科百辩
凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
题辞卷之一天道部天地阴阳大论其气三论六节五制生五论正六气说为运为气五六说五运说司天说地上三阴三阳说天道或问五则天道六气中见论地理六节位下六承论辨君火以明兼退行一步不司气化论卷之一人道部人道大阴阳疏心肾
神农本草经赞
一百二十穴玉龙歌中风口眼斜头风偏正头风头风痰饮头项强痛牙疼乳蛾鼻渊不闻香臭眉目间痛心痛三焦上焦热痴呆赤目目病隐涩目热目烂目昏耳聋聋疠喑痰嗽喘急咳嗽腰痛伤风咳嗽鼻流清涕喘气喘哮喘痰嗽口气气满气肩肿痛肘挛
锲斗垣申君校正外科启玄序序校正外科启玄自序外科启玄附痘科序后序卷之一明疮疡标本论明疮疡脉理论明疮疡是阴阳相滞论明疮疡分五善七恶论明疮疡原无定处论明疮疡色脉形症当参相应论明疮疡部位所属经络论明疮疡生十二
经络统序原始脏腑联系分合详说脏腑联系分合详说手太阴肺经（左右共二十二穴）手阳明大肠经（左右共四十穴）足阳明胃经（左右共九十穴）足太阴脾经（左右共四十二穴）手少阴心经（左右共十八穴）手太阳小肠经（左右共